Computer Science Colloquium
Dr. Rudolf Volkmer-Engert
Charité Berlin
Biophysik und Peptidarrays - eine Hochzeit und deren Folge für Coiled-Coil Assoziationen: Fragen an die Bioinformatik
Thu 11.01.2007, 14:30, 60 minutesHS 11
Abstract
Das alpha-helikale Coiled-Coil gehört zu den Proteinmotiven, dessen Struktur im Detail zuerst aufgeklärt wurde. Schon 1953 beschrieb sie Crick als aus zwei oder mehreren amphipatischen a-Helices bestehenden, linksgedrehten Supercoils, bei denen die hydrophoben Helixflächen in Kontakt sind. Als Strukturmodul weit verbreitet zählt es zu den biologisch wichtigsten Interaktionsdomänen; 5-10% der ORF codieren für Coiled Coil Proteine. Wesensmerkmal aller Coiled-Coils ist das Vorhandensein heptadischer Wiederholungssequenzen [abcdefg]i, wobei i die jeweilige Heptade bezeichnet. Obgleich Coiled-Coil Motive mit einem hohen Maß an Sicherheit vorhergesagt werden können, ist die Vorhersage ihrer Stöchiometrie und räumlichen Struktur noch immer eine Herausforderung. Im Vortrag wird ein kombinierter Ansatz aus Biophysik und Peptidarray-Technologie vorgestellt. Gezeigt wird eine umfassende Studie von Einfach- und Doppelsubstitutionen des prototypischen GCN4 Leucinzippers welche zu einer Neubewerrung der Heptadenposition g führt. Die Tatsache ausnutzend, dass die Positionen a und d im Kern der dritten Heptade als Schalter für den Übergang zwischen homodimeren zu homotrimeren Strukturen fungieren, haben wir ein synthetisches, dreigliedriges Assoziationsnetzwerk geschaffen, das monomere, homotrimere und heterodimere Coiled-Coil Zustände aufweist. Wir hoffen, dass solche Experimente den Weg für eine Vorhersage der Coiled-Coil Stöchiometrie und räumlichen Struktur bereitenInvited by Prof. Sepp Hochreiter
The Computer Science Colloquium is organized by the Department of Coputer Science at JKU, the Österreichische Gesellschaft für Informatik (ÖGI) and the Österreichische Computergesellschaft (OCG).